Les accusés ont comparu cette semaine au tribunal de Grande Instance de Muyinga dans le nord du pays.
Pour les défenseurs des droits de l'homme, certaines des personnes jugées ont subi des graves tortures.
Pierre Claver Mbonimpa président de l'Association pour la Protection des Droits Humains et des Personnes détenues (APRODH) a indiqué à la BBC : ''ils avaient été torturés surtout les militaires. Ils n'étaient pas en mesure de se défendre et n'avaient même pas l'assistance d'un avocat.''
Le gouvernement burundais réfute les déclarations des défenseurs des droits de l'homme et estime que les prévenus ont comparu dans des conditions normales.
Pour la ministre de la justice Aimée Laurentine Kanyana, les accuations de torture relève d'un mensonge calomnieux et grossier.