L'attaque s'est produite à 5h du matin alors que les soldats faisaient leur prière.
C'est le deuxième attentat meurtrier contre des militaires égyptiens cette semaine.
Jeudi, un officier a été tué au cours d'une attaque contre un bus de l'armée au Caire.
Trois autres soldats avaient été blessé.
L'armée a accusé l'organisation des Frères Musulmans d'être responsables des deux attaques.
Cependant, aucune preuve n'a étayé ces allégations.
Ces derniers événements sanglants montrent les difficultés que rencontrent le chef de l'armée le Maréchal Abdel Fattah Al-Sissi
Ce dernier va probablement annoncer sa candidature pour les présidentielles dans les prochains jours.
Les experts craignent que ces élections causent un regain de violence.
Les militants islamistes ont tué des centaines d'officiers depuis que l'armée a renversé le président islamiste Mohammed Morsi en juillet.
Jusqu'à présent, la plupart des attaques ont eu lieu dans la péninsule du Sinaï, région où l'armée a lancé une importante offensive.
Mais les combattants ont étendu leur opérations à la capitale et d'autres zones du pays.