La surprise porte d'abord sur la forme. Le communiqué de la présidence malgache a été envoyé deux jours après la rencontre entre les deux présidents, français et malgache, et lors de leur conférence de presse commune à l'Elysée, le dossier des îles Eparses n'a pas été évoqué. Ensuite, sur le fond, une résolution des Nations Unies qui date de 1979 demande à la France de rétrocéder ces îles à Madagascar, rétrocession, qui n'a jamais eu lieu.
Ces îles françaises font partie aujourd'hui des Terres australes et antarctiques, et, depuis quelques années, au conflit de souveraineté s'ajoutent des enjeux financiers : ces îles du canal du Mozambique seraient voisines de réserves qualifiées de « gigantesques » en pétrole et en gaz. Alors, forcément, ce projet de « cogestion » crée la polémique à Madagascar.
« Peut-être qu'en contrepartie, Madagascar espère des financements »
Le communiqué de la présidence malgache dit à propos des îles Eparses : « le président français est […] convaincu d’engager les discussions. Une plateforme composée des deux ministères des Affaires Etrangères est mise en place. […] Une politique de cogestion a été [...]avancée par le président Hery Rajaonarimampianina ». C'est sur ce point que les critiques sont les plus vives, dans la Grande île : Madagascar a donc abandonné sa souveraineté de droit, sur les îles Eparses. La question, c'est pourquoi ? Rolly Mercia, directeur général du quotidien La Vérité, avance une hypothèse : « peut-être qu'en contrepartie, Madagascar espère des financements colossaux de la France, pour assurer son développement ».
A l'issue de leur rencontre, François Hollande et Hery Rajaonarimampianina ont insisté sur les liens d'amitié entre les deux pays, et sur l'aide au développement pour Madagascar. La France a déjà signé un accord de cogestion du même type, dans un autre conflit de souveraineté territoriale et dans la même région, c'était en 2010, avec l'Île Maurice, concernant l'île Tromelin.