C'est en 2013 après le classement d'Ansar al-Charia comme organisation terroriste que Tunis commence progressivement à reprendre la main sur ces mosquées hors de contrôle. A cette époque, le mouvement islamiste Ennahda est au pouvoir, la Tunisie vient de connaître deux assassinats politiques, et en deux ans le mouvement jihadiste est passé maître souvent par la force de 10 % des mosquées, selon les chiffres officiels de l'époque. Dans la plupart de ces 500 lieux de cultes sur environ 5 000, les imams nommés sous Ben Ali avaient été expulsés au lendemain de la révolution manu militari, remplacés par des religieux qui appelaient au jihad à l'étranger, notamment en Syrie.
Deux ans plus tard, les principales mosquées jihadistes ont été récupérées par le gouvernement. C'est le cas de la grande mosquée El Fath en plein centre de Tunis. Après lamort de 38 touristes à Sousse le 24 juin dernier, le Premier ministre Habib Essid a promis la fermeture des 80 derniers lieux de culte appelant toujours, selon lui, à la violence.
Jeudi soir, à Sousse, l'application de cette mesure a déclenché de légers affrontements entre des jeunes et les forces l’ordre. Peu avant, à Msaken, un leader salafiste hostile aux jihadistes, Bechir Ben Hassen, qui était encore invité au palais présidentiel en 2012, avait été interdit de prêche. Mais une centaine de mosquées restent encore hors du contrôle de l’Etat.