Selon un communiqué publié mercredi par le gouvernement, les islamistes seront réintégrés dans la société s'ils déposent les armes dans les 45 prochains jours.
Selon des analystes, l'offre est une tentative d'exploiter la vulnérabilité d'al-Shabab fragilisé par les frappes américaines.
Les islamistes se sont refusés de dire si leur chef Ahmed Abdi Godane a survécu au raid mené dans la nuit de lundi à mardi.
M. Godane voyageait dans un convoi dans la région de Lower Shabelle au sud de la Somalie.
Selon des témoins, des éléments des forces spéciales américaines sont arrivés sur le site peu de temps après le raid et ont emporté les corps après une fusillade nourrie, rapporte Abdullahi Abdi du service Somali de la BBC.
L'offre d'amnistie du gouvernement somalien semble être une initiative politique visant à encourager les défections au sein d’al-Shabab, dit-il.
Le groupe est sous pression militaire. Outre les frappes américaines, l'Union africaine (UA) et les troupes gouvernementales ont lancé une offensive terrestre.
Elles avancent maintenant vers la ville côtière de Barawe, dernier bastion des islamistes.