C'est ce qu'indique un communiqué du ministère de l'Intérieur, affirmant qu'il s'agit "de permettre la conduite pacifique des élections nationales à venir".
La mesure entre en vigueur à minuit mercredi soir, et durera jusqu'à minuit samedi soir, après la journée du vote.
Le communiqué indique également que les services d'immigration du pays ont reçu l'ordre de "s'assurer que des non Nigérians ne prennent pas part au vote".
Le ministre de l'information, Abba Moro, a indiqué à la BBC que des rapports des renseignements soupçonnaient des étrangers de vouloir prendre part au scrutin.
La fermeture des frontières le jour du vote est une mesure courante dans le monde. Mais elle ne dure normalement que la journée du vote.
Néanmoins, le Nigeria avait déjà fermé ses frontières pendant plusieurs jours lors des élections de 2011.
Le scrutin de cette année intervient dans un contexte sécuritaire tendu, où une partie du Nord du pays est contrôlée par la secte islamiste Boko Haram.