Mgr Rogelio Livieres Plano, qui officiait dans le diocèse de Ciudad del Este dans le sud-est du Paraguay est soupçonné de mauvaise gestion.
Il est aussi accusé d'avoir promu un prêtre anciennement accusé d'actes de pédophilie aux Etats-Unis.
Dans un communiqué, le Vatican a évoqué "une pénible décision déterminée par de sérieuses raisons pastorales".
Le communiqué ne spécifie pas les reproches faits à l'évêque.
Le Vatican a nommé Mgr Jorge Valenzuela Rios pour remplacer l'évêque déchu.
En juillet dernier, Mgr Livieres s'était vu interdire de procéder à des ordinations de séminaristes, et le Vatican l'avait obligé à relever son vicaire général, Mgr Carlos Urrutigoity, de ses fonctions.