L'armée malienne ne s'est pas battue pour la reconquête des villes du Nord mais une fois sur place, les soldats ont fait usage de leurs fusils sur des civils désarmés. Faits les plus graves dénoncés par Amnesty International : des exécutions, parfois de vieillards, parfois dans le dos, principalement de Touaregs ou d'Arabes, sans crainte de devoir rendre des comptes.
L'organisation de défense des droits de l'homme dit avoir recueilli des informations sur plus de vingt cas de disparitions forcées et d'exécutions extrajudiciaires. Quand elles ne sont pas tuées, les personnes soupçonnées d'appartenir ou d'entretenir des liens avec l'ennemi jihadiste ou autonomiste sont régulièrement torturées au moment de leur arrestation ou pendant leur détention.
Ainsi entre le 11 et le 14 avril, selon Amnesty, cinq hommes arrêtés dans le Nord sont morts à la maison d'arrêt de Bamako. Si cette enquête toujours en cours est majoritairement consacrée aux violations commises par les soldats maliens, elle se penche également sur les assassinats perpétrés par le Mujao sur des civils ayant publiquement soutenus l'intervention française.
A l'adresse de la France mais aussi des soldats africains de la Misma, Amnesty formule plusieurs recommandations. L'une d'entre elle est de ne plus livrer des prisonniers à l'armée malienne si ceux ci risquent d'être torturés.