Quelques-unes des victimes ont été tuées dans des églises, selon Issoufou.
Cinq autres personnes ont été tuées vendredi, à Zinder, la deuxième ville du pays, selon le président nigérien.
Samedi, à Niamey, les manifestants ont mis le feu à une dizaine d’églises et à trois véhicules de la police.
La cathédrale de Niamey, surveillée par des éléments de la Gendarmerie nationale, a échappé à la furie des manifestants, selon le correspondant de BBC Afrique.
Une vingtaine d'oulémas et des théologiens musulmans ont lancé un appel au calme, à la télévision publique nigérienne.
Ils ont appelé les manifestants à mettre fin aux attaques dirigées contre les églises et les commerces appartenant à des non-musulmans.
"Moi, je ne suis pas Charlie"
Un rassemblement a dégénéré lorsque la police a fait usage de gaz lacrymogènes sur les organisateurs, qui ont bravé l’interdiction du ministère de l’Intérieur de tenir des manifestations dans la rue, selon le correspondant de BBC Afrique.
"A bas Charlie Hebdo", "Non aux caricatures portant atteinte à la religion musulmane et au prophète", lisait-on sur des pancartes brandies lors de ce rassemblement.
Aux tirs de gaz lacrymogènes de la police, ils ont riposté avec des jets de pierres et ont barré des artères de Niamey en y jetant des pneus brûlés.
"Nous sommes des musulmans. Nous n’accepterons pas que le président du Niger aille en France pour dire qu’il est Charlie, que le Niger est Charlie. Moi, je ne suis pas Charlie", a dénoncé un manifestant.
Comme lui, d’autres protestataires affirment dénoncer le soutien du président nigérien au journal Charlie Hebdo, en déclarant qu’il est pro-Charlie.