Dès la proclamation des résultats du premier tour, les deux candidats se disputaient déjà sur les estimations. Finalement, six points séparent les deux finalistes. Béji Caïd Essebsi est arrivé en tête avec 39,4 % des voix et Moncef Marzouki second avec 33,4%.
Le score du président sortant, ex-allié des islamistes, avait surpris les observateurs. Lors des élections législatives, en octobre, son parti, le CPR, avait en effet recueilli moins de 2 % des suffrages. Du coup, Béji Cad Essebsi avait accusé le parti islamiste Ennahda, qui ne présente pas de candidat à cette présidentielle, d'avoir, en sous main appelé ses partisans à voter Marzouki. Le leader de Nidaa Tounes, âgé de 88 ans, est allé jusqu'à déclarer que les salafistes et les jihadistes avaient soutenu son rival. Une déclaration qualifiée de dangereuse par les proches de président sortant qui lui-même présente le leader du Nida Tounes comme le représentant de l'ancien régime Ben Ali.
Cette tension se retrouve dans les médias tunisiens et a poussé l'instance électorale à appeler « à respecter les principes de la campagne ». Celle-ci se terminera le 19 décembre avec le début du vote des Tunisiens résidant à l’étranger, trois jours avant le scrutin général du 21 décembre pour désigner le premier président tunisien jamais élu au suffrage universel.