La cour a rejeté l'inculpation pour tentative de renversement du gouvernement.
Il est sorti arborant le drapeau du Zimbabwe, nouveau symbole de la contestation contre le président Mugabe.
Il a été arrêté mardi après s'être présenté volontairement à la police.
A l'origine, il était accusé d'incitation à la violence.
Le parquet a ensuite tenté d'introduire de nouveaux chefs d'accusation contre lui, notamment de renversement du pouvoir.
Pour les avocats du pasteur, la procédure n'a pas été respectée et ce changement de dernière minute ne lui garantissait pas un procès équitable.
C'est pourquoi le juge a refusé sa détention.
Inconnu il y a quelques mois, le pasteur a lancé la mobilisation anti-Mugabe #theflag, soit le drapeau en français.
Très actif sur les réseaux sociaux, le mouvement dénonce la corruption et le chômage.
Evan Mawarire avait appelé à la grève générale la semaine dernière et beaucoup d'écoles, d'hôpitaux et de bureaux étaient restés fermés.
Un nouvel appel a la grève avait été lancé mercredi et jeudi, mais cette fois la mobilisation a été faible.
Les fonctionnaires, qui protestaient contre le non paiement de leur salaire ont finalement été payés la semaine dernière.
Cependant, les autorités et les banques manquent toujours de liquidités.