Le général Henry Odillo est accusé d'avoir ficelé un contrat pour l'approvisionnement d'équipements militaires dont la livraison n'a jamais eu lieu.
Son ancien adjoint, le lieutenant-colonel Clément Kafuwa, est également mis en examen dans cette affaire.
Le Bureau national contre la corruption (ACB) a placé en détention provisoire les deux ex-officiers, les mettant à la disposition de l'enquête sur cette affaire désormais appelée "cashgate".
Ni l'un ni l'autre n'a fait de commentaire sur les accusations.
Le correspondant de la BBC à Blantyre, Raphael Tenthani, indique que des dizaines de fonctionnaires ont été mis en examen dans le cadre de l'affaire.
Le scandale a mis à jour des cas de dépenses effectuées sans aucun service en retour.
Les deux officiers seraient sous le coup d'accusations d'abus de biens publics, de négligence et de blanchiment d'argent.
Un contrôle des finances de l'armée a révélé que 4,4 millions de dollars décaissés au titre d'achat d'équipements n'ont jamais été suivis d'une livraison.
L'affaire "cashgate" a été exposée en septembre 2013 après la tentative d'assassinat de Paul Mphwiyo, directeur chargé du budget au Ministère des Finances.
Seulement quelques jours auparavant, un employé subalterne de la fonction publique avait été arrêté en possession de plus de 300.000 dollars dissimulés dans le coffre de sa voiture.
D'autres sommes d'argent ont été confisquées des domiciles ou des coffres de voiture d’un certain nombre d’autres fonctionnaires.
Les partenaires financiers du Malawi avaient alors décidé de surseoir au déblocage de 150 millions de dollars en faveur du pays, exigeant une enquête sur le scandale.
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